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7 mai 2019

Nouvelles souches de virus de la maladie de Carré dans la faune sauvage : un rappel en faveur d'une bonne couverture vaccinale des chiens

par Vincent Dedet

Temps de lecture  4 min

Le renard roux (Vulpes vulpes) semble être central dans l'entretien de la circulation de la souche WE/06-09 du virus de la maladie de Carré chez les carnivores sauvages dans le Sud des Alpes… C'est chez son congénère le renard gris (Urocyon cinereoargenteus) qu'une nouvelle lignée du même virus vient d'être identifie outre-Atlantique (cliché : Peter Trimming, wikimedia).
Le renard roux (Vulpes vulpes) semble être central dans l'entretien de la circulation de la souche WE/06-09 du virus de la maladie de Carré chez les carnivores sauvages dans le Sud des Alpes… C'est chez son congénère le renard gris (Urocyon cinereoargenteus) qu'une nouvelle lignée du même virus vient d'être identifie outre-Atlantique (cliché : Peter Trimming, wikimedia).
 

Deux articles publiés le même jour par des équipes et dans des revues scientifiques différentes rapportent la circulation de nouveaux variants du virus de la maladie de Carré des deux côtés de l'Atlantique : l'un confirme la circulation continue d'une souche de la lignée faune sauvage dans le Sud de l'Arc alpin ; l'autre décrit une lignée totalement nouvelle dans le Nord-Est des USA. Dans les deux cas, les virologistes vétérinaires estiment que ces émergences récentes « sont un rappel à maintenir une bonne couverture vaccinale chez les chiens domestiques ».

Europe-1 en Italie

Côté italien, l'étude publiée fin avril fournit les résultats des analyses virologiques effectuées sur 548 carnivores sauvages collectés dans le Nord-Est du pays, au sein de l'arc Alpin, entre janvier 2013 et décembre 2015. Ces éléments confirment qu'il s'agit de la souche identifiée il y a plus de 10 ans dans cette zone comme un sous-type de la lignée historique Europe-1, et baptisé “Wildlife Europe 2006-09” (WE/06-09). Ce nom est lié à son identification sur 96 carnivores morts ou collectés sur ces trois années alors qu'ils présentaient des signes respiratoires et nerveux (renards et blaireaux pour l'essentiel, et une fouine). En trois ans, cette souche avait diffusé depuis la frontière autrichienne, où les premiers cas sont apparus en 2006 jusqu'aux pré-Alpes italiennes, au Nord de Vérone, dans la Trente, où le virus était arrivé en 2009. Dans cette zone, urbanisée, les renards peuvent partager l'habitat suburbain avec les chiens domestiques. La même souche a été ensuite signalée en Bavière (Allemagne) en 2008, et en Suisse à partir du printemps 2009, toujours sur des carnivores sauvages. Les premiers cas suisses sont apparus « au long de la frontière avec le Liechtenstein et l'Autriche », puis « le front épizootique s'est déplacé vers l'Ouest ».

Un cas canin suisse

Parmi les victimes : un chien ayant été vacciné « avec un protocole approprié ». Les auteurs de la publication de ce cas ont séquencé le virus, qui « s'est révélé avoir un haut niveau d'homologie de séquence avec la souche de la faune sauvage ». Ils attribuent donc ce cas à une « contamination probable par un carnivore sauvage infecté » et sa réceptivité à « des facteurs immunitaires individuels associés ». Rétrospectivement, l'analyse des séquences de génome du virus de la maladie de Carré permet de retrouver un premier cas lié à cette même souche chez un Vizla de Budapest, en 2004. Cette souche se révèle particulièrement virulente pour les carnivores sauvages (neurotropisme accru). Ce que montre la nouvelle étude italienne, c'est qu'elle était toujours en circulation presque 10 ans après son apparition dans cette région, sans qu'une transmission au chien domestique n'y ait été signalé, indique l'auteure principale de la publication. Ce qui est à la fois rassurant, et « un signal vigoureux à maintenir un niveau élevé de couverture vaccinale ».

Émergence au Nord-Ouest des USA

Côté Nord-Américain, il s'agit d'une lignée totalement nouvelle. Aux 7 lignées dites “historiques” du Morbillivirus de la maladie de Carré, nommées selon leur origine (America-1, America-2, Arctic-like, Asia-1, Asia-2, Europ-1 et European Wildlife) sont récemment venues s'ajouter d'autres lignées : America-3 (en circulation dans le Sud-Est des USA) et Endomex (provenant du Mexique). Les souches de cette nouvelle lignée, qui ne dispose pas encore de son nom de baptême, ont été identifiées à partir de carnivores sauvages présentant des signes cliniques ou comportement anormaux, ou de cadavres collectés sur une période de 12 mois (entre 2016 et 2017) dans le Vermont et le New Hampshire (états mitoyens du Nord-Ouest des USA, séparés par le fleuve Connecticut). Les 8 sujets à partir desquels la souche a été obtenue sont : trois pékans (Martes pennanti), deux renards gris (Urocyon cinereoargenteus), un vison (Neovison vison), une mouffette (Mephitis mephitis) et un raton laveur (Procyon lotor). Le diagnostic a été confirmé :

  • en immunohistochimie par la mise en évidence du virus au sein des lésions dans de nombreux organes, y compris le SNC chez les mustélidés (pékans) ;
  • par l'isolement du virus de la maladie de Carré à partir de tissu de chacun des 8 animaux.

Piqûre de rappel

Jusque-là, les biologistes du laboratoire de diagnostic étaient dans une certaine routine, mais le séquençage des virus identifiés leur a réservé une surprise. Que ce soit pour le gène de l'hémagglutinine (H) ou de de la glycoprotéine de fusion (F), les 8 séquences se regroupent ensemble dans la phylogénie des virus de la maladie de Carré et à l'écart des autres lignées déjà connues. Ils y rejoignent une unique séquence, d'un isolat provenant d'un raton-laveur en 2012 (de Rhode Island, à 160 km plus au Sud). Les auteurs en concluent que ces virus appartiennent à une nouvelle lignée, dont la diversité géographique « semble [indiquer] qu'elle ait un potentiel de diffusion rapide et étendue, à moins qu'elle ne soit préalablement passée inaperçue » dans cette zone (ce que l'analyse génomique fine suggère : les 4 souches de chaque côté du fleuve sont plus apparentées entre elles que ces deux groupes ne le sont). Ils précisent qu'en 2017 (ils n'ont probablement pas de données plus récentes), cette lignée n'était pas signalée chez les chiens de compagnie. L'auteur principal de la publication souligne, lui aussi que cette découverte « est une excellente occasion de fournir à nos praticiens vétérinaires généralistes une information les aidant à encourage leurs clients à maintenir l'immunisation » vaccinale contre la maladie de Carré.