2 mars 2026

Le virus West Nile (WNV), « qui était autrefois confiné à la circulation dans les zones humides rurales, se propage désormais dans des centres urbains densément peuplés, y compris certaines des plus grandes villes de France », constatent les nombreux auteurs d'une étude d'épidémiologie génétique virale (Anses, Institut Pasteur, Inserm…) sur les souches virales identifiées en France entre 2022 et 2025, chez les chevaux, oiseaux, les humains et les moustiques.

Quatre régions de circulation

Leur analyse porte sur les souches issues de cas détectés entre 2022 et 2025 dans les 4 zones géographiques où la circulation virale a été détectée depuis 2022 : les zones est-méditerranéenne (8 souches), ouest-méditerranéennes (11 souches), sud-Atlantique (12 souches) et parisiennes (10 souches, voir l'illustration principale). Elles sont issues de :

• cas humains (n=6), symptomatiques ou non (donneurs de sang),
• cas équins (encéphales, n=2) ou oiseaux morts (organes internes ou écouvillons, n=19),
• excrétas de moustiques issus du piégeage dans la proximité de cas humains ou animaux (n=25).

La lignée 2 est seule présente

Le génome de ces souches a été séquencé, permettant d'une part d'identifier leur lignée d'origine (la lignée 1 était jusque récemment dominante en Europe, la lignée 2 a émergé au cours du XXI siècle). La comparaison de l'ensemble de ces séquences offert quatre enseignements. Le premier est que « toutes les souches sont de la lignée 2, indiquant que cette lignée a à présent diffusé dans une grande partie de la métropole ». La lignée 1, historiquement associée à la Camargue, n'a pas été retrouvée sur cette période. Elles font toutes partie d'un sous-groupe (baptisé WNV-2a), lui-même en expansion en Europe (vers le nord et l'ouest, depuis son apparition en Autriche en juillet 2006).

Introductions italiennes

Le second enseignement mis en avant par les auteurs est que « les séquences provenant de la région est-méditerranéenne sont distinctes des séquences qui y ont été antérieurement détectées en 2018, 2022 et 2023. Elles restent cependant distinctes de celles de l'Atlantique Sud, se regroupant avec des séquences récentes du nord de l'Italie (Piémont, 2022-2023) et de Suisse (2022) ». Les auteurs datent cette émergence « vers novembre 2021 ». Les souches auparavant identifiées dans cette région avaient aussi une parenté italienne. Il y a donc eu dans cette région des introductions répétées de ces virus depuis l'Italie du nord – et non un retour depuis les autres zones de circulation virale en France.

Du sud-Atlantique vers l'ouest méditerranéen…

Le troisième enseignement est que la zone ouest-méditerranéenne a une dynamique virale différente : les souches qui en proviennent forment un groupe génétique cohérent, lui-même inclus dans la diversité des souches sud-Atlantique de 2022-2023, et comprenant même une souche très proche d'un cas espagnol de 2024. L'émergence de ce groupe génétique restreint remonterait à août 2022. Or les souches détectées en sud-Atlantique en 2022-2023 auraient émergé en décembre 2018 – donc avant celles de la zone ouest-méditerranéenne. Ces dernières en proviennent probablement. Et la datation phylogénétique des souches du sud-Atlantique fait également supposer qu'il y ait eu « une circulation cryptique locale – ou dans une zone intermédiaire – pendant plus de trois ans avant la première détection du virus dans cette région ».

… et vers la zone parisienne

Dernier enseignement : les souches parisiennes, humaines et de moustiques, « forment un seul groupe, enraciné au sein du groupe génétique plus large du sud-Atlantique, distinct des séquences de la région est-méditerranéenne » et leur datation « suggère » une émergence probable « avant la fin de 2023 », mais pas forcément à Paris. Ainsi, il y aurait dans la région Sud-Atlantique « un maintien local du virus pendant plusieurs années, [qui] a probablement alimenté sa circulation dans d'autres régions de France » : ouest-méditerranéenne et parisienne. Cette zone sud-Atlantique se comporterait comme un « hub de dispersion » pour des régions distantes (zones ouest-méditerranéenne et parisienne, et possiblement l'Espagne).

Les feux de forêt de 2022 ?

Les auteurs n'en tirent pas de recommandations au plan de la vaccination des équins. Mais ils proposent une explication pour ce ‘réservoir' de WNV en sud-Atlantique : les feux de forêt d'ampleur inédite de 2022 en Nouvelle-Aquitaine, représentant « une perturbation écologique extrême, pourraient avoir perturbé les zones tampons naturelles et modifié la dynamique de transmission locale du virus en remodelant les habitats des oiseaux et des moustiques, facilitant potentiellement les interactions entre les cycles enzootiques et l'environnement urbain ».

Il est donc selon eux « urgent d'étendre et de coordonner la surveillance génomique [des WNV] à travers l'Europe, en particulier dans les régions historiquement enzootiques et les zones nouvellement touchées ».