27 août 2026

Le virus Shamonda-like, identifié à peu près en même temps en France (par l'ENV de Toulouse), en Allemagne (par l'institut Friedrich-Löeffler) et en Suisse (par l'Institut de virologie et d'immunologie) début août chez des bovins présentant une affection passagère a, depuis agrandi son aire de répartition.

18 départements

En France, la plateforme d'épidémiosurveillance animale indique qu'à la date du 24 août, il avait été détecté chez des bovins dans 18 départements : Ain, Hautes-Alpes, Ardennes, Calvados, Cantal, Côte d'Or, Doubs, Jura, Loire, Haute-Loire, Manche, Meuse, Nièvre, Puy-de-Dôme, Bas-Rhin, Haut-Rhin, Savoie et Haute-Savoie (voir l'illustration principale). Au 13 août, le ministère de l'Agriculture indiquait sa présence dans seuls 5 départements de l'est ; il a depuis “sauté” jusqu'en Normandie.

Diffusion européenne

Les autorités sanitaires ont également constaté sa diffusion en Allemagne (des cas détectés en Rhénanie-Palatinat et en Hesse) et en Suisse (22 cantons touchés, jusqu'au Tessin). Et de nouveaux pays sont venus s'ajouter à la liste de ceux où ce virus est présent : les Pays-Bas, où deux régions comportent pour le moment des élevages infectés (Frise et Limbourg), la Belgique (avec des cas en Wallonie et en Flandre occidentale), le Liechetenstein et plus récemment l'Autriche. La présence du virus en Normandie et aux Pays-Bas et sa transmission par des culicoïdes rendent envisageable le passage de la Manche par le virus, à l'image des différents sérotypes de virus de la fièvre catarrhale ovine lors des épisodes précédents.

Un manuscrit et une publication

Au plan des descriptions scientifiques, ce sont les virologistes vétérinaires allemands qui ont les premiers publié en ligne un manuscrit décrivant leur identification du virus. Leur communication est intitulée : « c'est de nouveau arrivé : émergence d'un orthobunyavirus shamonda-like en Europe centrale en 2026 », en référence au virus Schmallenberg, auquel le virus Shamonda-like est d'ailleurs génétiquement relativement proche. Ces auteurs préviennent que, du fait du spectre d'espèces inconnu de ce nouveau virus, la surveillance « devrait être étendue aux petits ruminants et ruminants sauvages ». Toutefois, ce manuscrit n'a pas encore été publié dans une revue scientifique. En revanche, le 20 août, la description française du virus est publiée dans la revue Eurosurveillance (en libre accès), par les virologistes et généticiens de la plateforme de détection des agents pathogènes & métagénomique clinique de l'ENVT. Ces auteurs proposent de nommer ce nouveau virus European Shamonda Virus (ESV). Et leur analyse phylogénétique laisse supposer que l'ESV aurait largement circulé de manière silencieuse (non détecté) dans un réservoir animal, avant d'émerger dans l'arc alpin. Toutefois, « son itinéraire et la date de son introduction en Europe demeurent inconnus ».

Impact clinique

Dans la publication française, il est indiqué que, dans les premiers troupeaux affectés de l'est, la chute de lait (temporaire) a représenté un recul de 15 à 75 % du niveau de production attendu. De 8 à 100 % de l'effectif a présenté de la diarrhée, qui a duré de 1 à 6 jours. Aux Pays-Bas, dans un état des lieux de la situation, les services de santé (GD) ont indiqué que la surveillance de la production laitière montre une baisse des quantités et qualités du lait livré « dès la semaine du 3 août », avec « un recul de la production de 0,5 kg/vache/j ». Par la suite, un recul de production comparable est observé « se déplaçant vers l'ouest du pays, où il atteint 0,9 kg/vache/j ». Cependant, il n'est pas certain que la totalité de cet effet soit imputable à l'ESV (du fait du stress thermique). Il reste, comme indiqué dans la publication française, qu'une « surveillance coordonnée impliquant les secteurs vétérinaire, de laboratoire et de la santé publique est désormais nécessaire pour définir la répartition, l'impact clinique et les conséquences du virus sur la reproduction ».

Transmission verticale

En particulier à cause de la transmission verticale, qui était initialement suspectée du fait de la parenté de l'ESV avec le virus Schmallenberg, mais qui est à présent avérée. La publication française précise ainsi que « des échantillons provenant d'avortons issus de 18 troupeaux (un par troupeau) prélevés entre le 27 juillet et le 11 août, ont été analysés. Dans ces 18 troupeaux, un épisode de fièvre et d'abattement chez les vaches avait été signalé deux à quatre semaines avant la survenue des avortements. Le virus ESV a été systématiquement détecté dans tous les échantillons analysés, au moyen des deux tests utilisés. Dans les échantillons issus d'avortements, de l'ARN viral a été systématiquement détecté dans le placenta et/ou les organes fœtaux, notamment la rate et le cerveau ; le tissu cérébral s'est révélé positif chez six fœtus, ce qui confirme la circulation systémique de ce virus et suggère une possible infection fœtale associée à l'avortement ». De même en Suisse, l'IVI indiquait fin août que ce virus avait « été détecté dans des échantillons de sang et chez plusieurs fœtus avortés » concernant plusieurs bovins dans plusieurs élevages.

Maladie neurologique équine ?

Quant au spectre d'hôtes, la première détection officielle de l'ESV chez des petits ruminants provient de Belgique, où l'ARSIA (association couplant défense sanitaire et laboratoire d'analyses) a annoncé le 19 août que « l'université de Namur a développé un test permettant de distinguer le virus de Schmallenberg (SBV) d'un virus Shamonda-like et a confirmé la présence de ce dernier chez des bovins en provinces de Namur et de Hainaut, ainsi que chez des ovins ». Aucun autre élément n'est disponible pour le moment. Mais la découverte la plus surprenante vient cette fois de Suisse, où l'IVI a annoncé fin août que du « matériel génétique du virus Shamonda-like a été mis en évidence dans l'encéphale de chevaux [présentant des signes neurologiques], grâce au séquençage sans a priori réalisé au Neurocentre de la Faculté Vetsuisse de Berne ». Seul l'encéphale a été trouvé positif, pas le LCR ni le sang. À ce jour, deux cas sont recensés, ayant tous deux présenté des signes neurologiques et datant : 

• du 30 juillet, avec « un virus de type Shamonda a été détecté dans le tissu cérébral »,
• et du 4 août, avec un « virus Shamonda dans un échantillon cérébral par séquençage de nouvelle génération, négatif à l'EHV1/4 et au virus West Nile, suspicion d'encéphalite à tiques en cours d'investigation ».

Or il y a un net contexte de circulation du virus West Nile en Europe actuellement (voir la carte ci-dessous), au point que le réseau français d'Epidémio-Surveillance en Pathologie Équine (RESPE) « appelle l'ensemble des vétérinaires et des acteurs de la filière équine à renforcer leur vigilance et à signaler rapidement toute suspicion, en particulier lorsqu'un cheval présente des signes neurologiques ». Ainsi, il y aura un virus de plus à suspecter (en particulier chez les sujets correctement vaccinés contre le WNV).