8 septembre 2026

Les Pays-Bas ont été les premiers à le suspecter : il n'y a pas un virus Shamonda-like (ou European Shamonda Virus), mais deux. Ils se sont toutefois fait coiffer sur le poteau par l'Allemagne pour la confirmation.

ESV-1 et ESV-2

Les services de santé animale privés néerlandais (GD) ont annoncé le 28 août avoir séquencé des souches d'ESV issues de bovins de différentes régions aux Pays-Bas. La surprise est que ce génome « présente des différences nettes par rapport au virus initialement découvert dans le sud de l'Allemagne, en Suisse et en France ». C'est dans un communiqué du 1^er septembre que le laboratoire vétérinaire de référence allemand (l'Institut Friedrich Loeffler, FLI) a annoncé que « les analyses de séquençage d'échantillons [bovins] positifs par PCR, provenant du nord-ouest et de l'est de l'Allemagne [Rhénanie-du-Nord-Westphalie, Basse-Saxe, Hesse et Thuringe], révèlent la présence d'un variant supplémentaire apparenté au virus Shamonda, aux côtés du variant “Shamonda virus/DE/2026” qui circule principalement dans le sud de l'Allemagne, en Suisse et en France depuis le mois de juillet ». Comme pour le moment la terminologie n'est pas fixée, le FLI désigne ces virus comme « Shamonda virus Europe 1 (SHAV-EU1) » pour le premier mis en évidence depuis début août et « Shamonda virus Europe 2 (SHAV-EU2) » pour le nouveau. Dans la désignation proposée par l'équipe de l'ENVT (France) dans sa publication de fin août sur le séquençage de ce virus, cela correspondrait respectivement à l'ESV-1 et à un ESV-2.

Pays-Bas, après Allemagne

Dès le 4 septembre, le GD reprenait la main avec un communiqué dans lequel il confirme la cocirculation des deux variants dans le cheptel bovin néerlandais, avec un net déséquilibre : « le premier variant, identique à celui trouvé dans le sud de l'Allemagne, en France et en Suisse, a été détecté chez un seul bovin. Le second variant correspond à celui également présent dans le nord de l'Allemagne et a été confirmé chez plusieurs bovins répartis sur l'ensemble du territoire néerlandais ».

Recherches en cours

Côté allemand, le FLI prévient que « les premières investigations montrent que les trois segments génétiques du génome du SHAV-EU2 diffèrent de ceux du SHAV-EU1. Des recherches supplémentaires sont nécessaires pour déterminer s'il existe une protection croisée suffisante entre les deux variants à la suite d'une infection ». Côté néerlandais, le GD précise que « des analyses complémentaires et une consultation internationale avec des experts permettront de mieux comprendre la signification clinique et épidémiologique de ces deux variants ». Mais au plan clinique, les deux variants provoquent les mêmes signes chez les bovins, au vu des données publiées antérieurement par les deux pays.

Brassage génétique en vue

Le FLI relevait aussi début septembre que « trois orthobunyavirus du sérogroupe Simbu circulent actuellement en Allemagne : le virus Schmallenberg et les deux variants du virus Shamonda. Il est donc probable que ces virus échangent des segments de génome et mutent (réassortiment) », soit dans leur hôte (bovin ou autre), soit dans leur vecteur (les culicoïdes). Et cela a déjà pu commencer car les deux variants « ont des répartitions qui se recouvrent dans certains Länder ». Cette plasticité génétique risque de compliquer le diagnostic moléculaire, et de favoriser le recours au séquençage génétique.

Au moins deux introductions

La présence de deux variants dans des zones géographiques a priori légèrement différentes (mais qui tendent à se rejoindre) fait suspecter qu'au moins deux introductions ont été réalisées cet été en Europe occidentales qu'ici. Là encore, le plus large recours au séquençage devrait permettre de préciser quel(s) variant(s) sont présent dans les autres pays où l'ESV a été signalé : Suisse, Belgique, Autriche, Liechtenstein.

Transmission verticale

La France, comme la Belgique, ont déjà signalé l'identification de l'ESV (a priori l'ESV-1) dans des avortons. Autre nouveauté néerlandaise : il a aussi été identifié dans le sang d'un « veau nouveau-né soumis à autopsie suite à un tableau clinique de vision fixe du ciel, un retard de développement visible et des anomalies des membres ». Ce qui correspond bien aux effets d'une infection intra-utérine décrite pour les virus Schmallenberg et BTV récemment introduits en Europe.

Chevaux : l'Allemagne aussi

Enfin, le spectre d'hôte de l'ESV s'est récemment élargi aux caprins : le FLI (Allemagne) signalait fin août cette détection dans le sang de chèvres dans le Land de Barde-Wurtemberg [donc a priori de l'ESV-1]. Il signalait aussi sa présence « chez un cheval de Rhénanie-Palatinat et un alpaga de Hesse », précisant que « le cheval présentait des troubles du système nerveux central avant sa mort. Une charge virale élevée a été détectée dans un échantillon de son cerveau, suggérant un lien avec le tableau clinique ». Ainsi, à date, les espèces réceptives au virus sont les bovins, ovins, caprins, alpacas et chevaux.