23 octobre 2026

« À ce stade, il est impossible de déterminer la date de l'infection [du premier cas humain d'encéphalite à virus Shamonda européen], car le plus ancien échantillon analysé, du 2 juillet, était déjà positif. Étant donné que les premières détections chez les bovins ont été signalées début juillet et que des signes cliniques ont été documentés chez des vaches laitières dès juin 2026, le patient a probablement été infecté entre la mi-juin et le 1^er juillet 2026 » écrivent les auteurs – français – de la description de ce premier cas humain.

Sexagénaire de l'Ain

L'annonce de ce cas a été publiée sur le site internet du ministère de l'Agriculture à 11 h ce 22 octobre : « les autorités sanitaires informent de l'infection par le virus Shamonda d'un patient présentant une immunodépression sévère, pris en charge aux Hospices civils de Lyon pour une pathologie grave. Le patient est décédé début octobre ». Le communiqué précisait que « les complications cérébrales observées chez le patient immunodéprimé avant son décès seraient très probablement liées à l'infection par le virus Shamonda ». Ce virus, qui a émergé dans l'été chez les bovins dans l'est de la France en même temps que dans le sud-ouest de l'Allemagne et en Suisse, s'est rapidement propagé à la quasi-totalité de ces pays (voir l'illustration principale pour la France). Pour ce cas humain, la presse locale (Le Progrès) précisait aussi que « l'homme âgé d'une soixantaine d'années habitait dans l'Ain et était bien connu à Villefranche-sur-Saône ».

Potentiel zoonotique à évaluer

Il s'agit d'un orthobunyavirus, jusque-là considéré comme infectant surtout les bovins, bien qu'ayant déjà franchi la barrière d'espèce vers les ovins et les chevaux. Le communiqué du ministère de l'Agriculture précisait que « le virus Shamonda était jusqu‘à présent considéré comme non transmissible à l'être humain ». Toutefois, l'article décrivant pour la première fois ce virus chez les bovins publié en août dernier, mentionnait : « les orthobunyavirus transmis par des Culicoides constituent une préoccupation de santé publique. Le virus Oropouche a provoqué d'importantes épidémies de maladies fébriles chez l'être humain, tandis que le virus Shuni, un autre membre du sérogroupe Simbu, a été détecté dans des cas d'atteintes neurologiques chez l'Homme. Le virus Shamonda, décrit ici, est phylogénétiquement apparenté à ces virus au sein du genre Orthobunyavirus ; toutefois, rien n'indique actuellement qu'il puisse infecter l'être humain. Son potentiel zoonotique doit donc être évalué, sans pour autant présumer d'une quelconque pathogénicité pour l'humain ».

Souche de génotype 1

C'est en fin de journée que l'article scientifique décrivant en détails ce premier cas humain (fatal) à virus Shamonda a été publié en libre accès en ligne. Il permet d'apprendre que :

• la souche du virus est du premier génotype (ESV-1 ou SHAV-EU1) ;
• le patient vivait en zone rurale et s'est vu diagnostiquer une leucémie le 25 novembre 2025, pour laquelle il a reçu différents traitements avant d'être hospitalisé le 18 août dernier pour une greffe de moelle qui a eu lieu le 26 août. Il était depuis en protocole d'immunosuppression, quand il a brutalement présenté le 23 septembre « une cécité corticale aiguë et une confusion, avec une IRM cérébrale et un examen du LCR normaux », alors qu'il était toujours hospitalisé. Son état s'est encore dégradé et il est décédé le 9 octobre ;
• les deux ponctions de LCR réalisées les 23 et 25 septembre n'ont pas permis d'identifier de cause infectieuse expliquant son état, « malgré des investigations approfondies ». Une approche métagénomique a été appliquée au prélèvement de LCR du 25 septembre, qui a fourni une présence importante du génome d'un orthobunyavirus, qui a aussi pu être cultivé. Son identité est bien celle de l'ESV-1 (ou SHAV-EU1).

Analyses rétrospectives : positif dès le 2 juillet

Ce patient était étroitement suivi médicalement, et les virologistes et cliniciens des Hospices de Lyon ont eu accès aux échantillons prélevés depuis le 2 juillet. Ceux-ci ont été soumis à RT-qPCR (analyses réalisées à l'ENVT) et le génome viral a été identifié dans de nombreux échantillons biologiques, y compris le plus ancien : un sérum prélevé le 2 juillet, soit 83 jours avant l'apparition des signes cliniques. Les auteurs relèvent qu'à cette date, le patient avait subi un épisode diarrhéique et d'anorexie… à l'image de la clinique des vaches laitières lors du passage du virus dans les exploitations concernées. « Des analyses portant sur des échantillons sanguins et respiratoires antérieurs sont en cours afin de déterminer, par RT-qPCR ainsi que par étude génomique, à quel moment le virus a été détecté pour la première fois au cours de l'évolution clinique » du patient.

Transmission vectorielle et immunosuppression

Pour les auteurs, une transmission vectorielle (culicoïdes) est jugée la plus probable, puisque le patient résidait en zone rurale, à proximité de zones où la circulation virale chez les bovins existait. Ils ajoutent que c'est probablement « l'immunodépression sévère du patient » qui aurait permis au virus « d'infecter l'hôte humain et de se disséminer dans de multiples compartiments (comme en témoignent les résultats positifs obtenus à partir d'échantillons issus du système nerveux central, des selles et des voies respiratoires), malgré une faible aptitude virale à infecter l'humain ». Aussi, les auteurs concluent que ce cas à lui seul « ne peut actuellement être interprété comme représentant un risque sérieux pour la population générale immunocompétente ». Pour la population immunodéprimée, ce risque reste à évaluer. Ainsi, les auteurs espèrent la mise au point rapide d'outils de sérologie, pour « étudier une exposition potentielle au sein des familles ainsi que dans la population française, en utilisant des échantillons de sérum disponibles ». Ils espèrent la mise en place d'une « surveillance renforcée du virus Shamonda en Europe, tant chez l'humain que chez l'animal », voire entomologique.

Enfin, les auteurs soulignent que « l'intervalle d'une semaine entre la demande clinique d'analyse par séquençage génomique de nouvelle génération et la confirmation par RT-PCR effectuée par le laboratoire vétérinaire souligne l'efficacité de la coordination entre les laboratoires de référence en France ».