14 septembre 2026

Les échanges vont dans les deux sens, même si, au départ, Klebsiella pneumoniae est bien une bactérie pathogène (opportuniste) des humains. Mais aujourd'hui, des clones multirésistants de cette bactérie, et en particulier résistants aux carbapénèmes (antibiotiques de dernier recours en humaine, interdits d'usage en médecine vétérinaire en Europe), sont apparus dans ces flux de germes, et prennent une importance préoccupante.

Clones à succès mondial

En santé publique, K. pneumoniae est un pathogène « hautement prioritaire en matière de résistance aux antimicrobiens, responsable d'une morbidité et d'une mortalité importantes à l'échelle mondiale, en particulier lorsque la bactérie comporte une résistance aux céphalosporines de troisième génération (C3G) ou aux carbapénèmes ». C'est un problème mondial car des clones de la bactérie, baptisés ST11, ST15, ST147, ST258 et ST307, « se sont propagés au sein des systèmes de santé sur l'ensemble du globe et sont fréquemment associés à des gènes codant pour des ß-lactamases à spectre étendu (BLSE, résistantes aux C3 et C4G) et des carbapénémases ». ST (type de séquence) se réfère à la méthode de typage utilisée au plan international ; il y a plus de 1 700 ST différents identifiés en humaine pour ce pathogène. Comme des publications ont sporadiquement signalé la présence de souches de K. pneumoniae résistantes aux carbapénèmes chez des chiens ou chats, une équipe de microbiologistes d'humaine du Royaume-Uni a rassemblé les séquences génomiques d'isolats de cette bactérie avec indication de l'origine (chien, chat et pays), à partir de plusieurs bases de données.

Les chats plus souvent que les chiens

Sur les 712 génomes issus d'autant de souches, les auteurs relèvent 263 groupes génétiques (les ST), ce qui indiquent une grande variété des types de K. pneumoniae pouvant les infecter (en infection clinique ou en portage). Toutefois, les 10 ST les plus fréquents représentent près d'un isolat sur deux (48,5 %), avec parmi eux ces redoutés « clones internationaux à risque élevé » : le ST307 (84 souches), le ST11 (n=75), le ST15 (n=51) et le ST147 (n=40). Et les auteurs préviennent : les chats sont plus fréquemment colonisés par ces ST avec 62 % des souches issues de chats appartenant aux 10 ST les plus fréquents, contre 42 % pour ceux des chiens. Les auteurs remarquent aussi des variations dans le temps : les ST307 et ST11 ont été identifiés de 2020 à 2026, tandis que le ST15 l'a été de 2020 à 2025, et le ST147 seulement en 2023, 2025 et 2026.

Net chevauchement

Pour évaluer l'impact que peuvent représenter ces résultats pour la santé publique, les auteurs ont pris en référence une base de plus de 38 000 séquences génomiques d'isolats humains de K. pneumoniae provenant de 88 pays, depuis 2019.

• Les souches spécifiques des chiens et chats sont minoritaires : 71 % des ST issus d'animaux de compagnie étaient également présents dans le groupe de comparaison humain, et 87 % des souches issues de chiens et de chats appartenaient à des profils ST détectés chez des souches d'origine humaine,
• « les 10 ST les plus fréquents chez les animaux de compagnie figuraient tous dans le jeu de données humain ;
• 19 des 20 principaux ST identifiés chez les animaux de compagnie ont été détectés chez l'homme et enfin 10 d'entre eux figuraient également parmi les 20 ST les plus fréquents chez l'homme ».

Il y a donc un fort chevauchement de ces souches, au point que même les ST de fréquence individuelle élevée en humaine sont aussi ceux de fréquence élevée en chiens/chats. « Il n'y avait pas de différence significative pour le risque de détecter des clones internationaux à risque chez les humains et les carnivores domestiques (p=0,142) ». Ce qui témoigne d'une forte intensité de transmission entre ces espèces, « mais n'identifie ni les événements individuels, ni leur direction ».

Attention au portage

L'analyse de la présence de gènes de résistance confirme cela : près d'une souche sur deux chez les chiens et chats héberge soit une résistance aux C3/C4G soit aux carbapénèmes (49 %). Il y a des différences régionales : 42 % des souches aux USA, 52 % en Chine, 65 % en France, 86 % en Suisse et 90 % en Corée du sud. Mais ces souches correspondent en général aux clones internationaux : ce sont les lignées résistantes à ces antibiotiques qui ont le plus de succès en termes d'expansion mondiale, y compris chez les animaux de compagnie. Les auteurs observent aussi que les chiens hébergent des populations plus variées de ST de K. pneumoniae que les chats, indépendamment de la localisation géographique. Ils calculent que les souches des chats sont 3 fois plus souvent multirésistantes (résistantes à au moins 3 familles d'antibiotiques) que celles des chiens (p=7,3 10^-8). Ce que s'explique par le fait que les chats donnent plus souvent lieu à l'identification de clones épidémiques humains que les chiens. Et comme il n'y a pas de différence statistique entre le taux de portage des chiens et des chats pour les souches multirésistantes, les auteurs ne peuvent s'empêcher de conclure en faveur d'un « rôle potentiel des chiens et des chats domestiques en tant que réservoirs importants de lignées multirésistantes » de K. pneumoniae, bien que ces souches soient d'origine humaine.

Pour eux, la mise en évidence du chevauchement des ST entre carnivores domestiques et humains, de la sur-représentation des clones multirésistants (en particulier chez le chat), l'importance du portage et l'analyse particulière du ST147 qui révèle d'intenses échanges entre les trois espèces, « sont en faveur de l'inclusion des animaux de compagnie dans la surveillance génomique ciblée “une seule santé” ».