6 décembre 2019

Les antibiogrammes sur des pathogènes d'origine canine ont représenté 25,9 % de ceux compilés par le réseau français d'épidémiosurveillance de l'antibiorésistance des bactéries pathogènes animales (Résapath) sur 2018. Car chez le chien, trois pathologies représentent 70 % des contextes cliniques de l'isolement des souches : les otites (33 %), les pathologies urinaires et rénales (24 %) et les pathologies de la peau et des muqueuses (13 %). C'est E. coli qui domine les pathologie urinaires et rénales, tandis que les staphylocoques coagulase positive dominent les deux autres affection – devant Pseudomonas pour les otites. Le rapport envisage d'abord E. coli sous l'angle spécifiquement canin, avant de comparer les niveaux de résistance relevés dans d'autres espèces animales.

Satisfecit pour E. coli

Pour les E. coli pathogènes, les niveaux de résistance sont trouvés « constants par rapport aux années précédentes » pour un grand nombre de molécules et à travers les trois affections considérées (voir le tableau ci-dessous). Les rapporteurs signalent le recul de la résistance aux fluoroquinolones dans les affections urinaires et rénales. Ils relèvent aussi que les niveaux de résistance observés dans les affections cutanées et muqueuses sont le plus souvent supérieurs à ceux observés dans les affections urinaires et rénales, « alors qu'E. coli n'est pas la cause dominante de ces maladies. Ce constat pose la question d'un éventuel effet collatéral de traitements de pathologies de la peau et des muqueuses ciblant d'autres germes qu'E. coli (notamment S. pseudintermedius) ».

Certes, des gènes de résistance aux ß-lactamases à spectre élargi ont été identifiés chez le chien, mais les rapporteurs préviennent qu'il ne s'agit pas d'une filière de production. La structure de la population canine s'apparente plus à celle « de la population communautaire humaine » avec laquelle les flux de gènes de résistance se font dans les deux sens. Ainsi, « les niveaux de résistance observés chez le chien doivent donc tenir compte également d'une exposition du chien par l'Homme, et non uniquement des conséquences des traitements antibiotiques vétérinaires ». Pris ensemble, ils ne dépareillent pas des filières de productions animales (voir l'illustration principale).

Multirésistance ÷ 2

Lorsque le rapport réalise un focus sur la multirésistance en revanche, les chiens tirent mieux leur épingle du jeu que les animaux de rente. Ainsi, vis-à-vis de 5 antibiotiques de familles différentes, ce sont les E. coli de chiens qui présentent le niveau de sensibilité le plus élevé (voir le graphique ci-dessous). Les rapporteurs calculent qu'en « 2018, la proportion de souches multi-sensibles chez le chien est de 70,7 % et suit une tendance croissante significative sur la période 2013-2018. La proportion de souches [multirésistantes] est en diminution significative sur la même période et représente 4,8 % des souches en 2018, c'est-à-dire deux fois moins qu'en 2013 (Chi², p<0,0001) ».

Émergence et pandémie

Le rapport met également en lumière « l'émergence de souches d'E. coli appartenant au clade C1-27 du clone ST131 chez les chiens ». Le clone ST131 est pandémique chez l'Homme, où il est « responsable de la grande majorité des infections colibacillaires ». Sa présence chez le chien fait suspecter une origine humaine. Les animateurs du Résapath ont donc analysé 269 souches d'E. coli d'origine canine, présentant un phénotype BLSE+ et collectées par le réseau entre 2010 et 2016 : une sur cinq (20,8 %) appartenait au complexe clonal ST131. Toutefois cet exercice a aussi permis d'identifier une souche (datant de 2011) « appartenant au clade C1-M27 récemment décrit comme émergent chez l'Homme [d'abord] au Japon, puis plus largement à l'échelle mondiale, y compris en France ». Ce qui, « questionne sur la possible adaptation de certaines lignées du clone ST131 à l'animal » et donc son possible statut de réservoir.

Niveaux élevés chez les staphylocoques

Il n'en va pas de même pour les staphylocoques où les niveaux de résistance à la pénicilline G sont « élevés », qu'il s'agisse de S. pseudintermedius ou de S. aureus. Pour le premier, elle va de 79 % (otites) à 86 % (affections cutanées et muqueuses) ; pour le second de 71 % (otites) à 82 % (affections urinaires et rénales). Pour les staphylocoques dorés, bien que l'antibiogramme fasse suspecter un phénotype de résistance à la méticilline (SARM) dans 10 à 20 % des isolats, l'analyse moléculaire ne confirme ce diagnostic qu'à hauteur de « moins de 2 % des cas ». Et il s'agit en général de souches de SARM d'origine humaine. Les rapporteurs estiment que la situation des souches de S. pseudintermedius résistantes à la méticilline (SPRM) est en revanche « une réelle problématique ». D'autant que, rappellent-ils, « des cas sporadiques de transmission à l'Homme ont été décrits, avec un niveau de gravité clinique souvent très élevé ». Ils signalent aussi que, contrairement aux SARM, l'indicateur de SPRM n'est pas le disque de céfoxitine mais celui de céfovécine. « La proportion de résistance observée pour la céfovécine chez S. pseudintermedius (8 % dans les otites, 14 % dans les pathologies de la peau et muqueuses) est d'ailleurs cohérente avec la proportion des SPRM estimée, d'après des études complémentaires, parmi les staphylocoques à coagulase positive chez le chien (entre 15 et 20 %) ».

Un arsenal impressionnant

Heureusement, le typage moléculaire des 95 souches de SPRM datant de 2012-2013 et de 85 autres de 2015-2016 montre une réduction de la fréquence d'un clone multirésistant, « au profit d'une grande diversité de clones d'importance mineure qui, pris dans leur globalité, sont effectivement plus sensibles aux antibiotiques ». Avec une exception : le clone « ST496 [qui] possède à lui seul un arsenal impressionnant de gènes de résistance lui permettant d'échapper à l'action de presque tous les antibiotiques à usage vétérinaire. Il constitue donc une exception à la baisse globale de la résistance des SPRM en France. L'émergence et la dissémination de ce clone sera donc à surveiller dans les années à venir ».

Trois points streptococciques

Pour les streptocoques en revanche, les niveaux de résistance sont modérés, mais les rapporteurs mettent en avant trois aspects :

• « les faibles taux de sensibilité à la tétracycline, qui sont seulement de 33 % et 27 % pour les souches isolées d'otites et de peau et muqueuses respectivement » ;
• « les faibles taux de sensibilité aux macrolides (érythromycine, peau et muqueuses ou otites : 78 % ; lincomycine, peau et muqueuses : 82 %, otites : 81 %) » ;
• et dans une moindre mesure du fait de la sensibilité réduite des streptocoques aux fluoroquinolones, « les proportions de sensibilité de 55 % à l'enrofloxacine et de 83 % à la marbofloxacine » pour les otites. « Dans le cas des pathologies de la peau et des muqueuses on relève des proportions de sensibilité de 49 % à l'enrofloxacine et de 82 % à la marbofloxacine ».